باتوجه به نیاز مبرم گروه‌های مختلف آموزشی در خصوص بهره‌گیری از تجهیزات آزمایشگاهی با فناوری بالا و فراهم ساختن زمینه و بستر لازم جهت انجام پژوهش های بنیادی و کاربردی، استفاده بهینه از توان پژوهشی اعضای هیات علمی و بهبود کیفیت آموزشی و پژوهشی دانشجویان مقاطع تحصیلات تکمیلی از یک طرف و دشواری تهیه این قبیل دستگاه‌ها به صورت مستقل برای گروه های مختلف از طرف دیگر، این پردیس اقدام به تأسیس آزمایشگاه مرکزی، در سال 1383 نمود. آزمایشگاه مرکزی با ارایه خدمات مشاوره ای و انجام فعالیت های متنوع آزمایشگاهی در زمینه های مختلف علوم و مهندسی کشاورزی به عنوان آزمایشگاه مرجع و به طور مستقل خدمات رسانی به طرح های پژوهشی اساتید، پایان نامه های دانشجویان مقاطع تحصیلی کارشناسی ارشد و دکتری گروه های آموزشی پردیس، انجام آزمایشات متقاضیان خارج از پردیس و دانشگاه تهران و نیز ارایه خدمات در مورد واحدهای درسی مرتبط با آزمایشگاه از قبیل واحد روش های آزمایشگاهی مربوط به دانشجویان تحصیلات تکمیلی را انجام می دهد. آزمایشگاه مرکزی دارای سه سالن آزمایشگاهی می باشد که از لحاظ فیزیکی مجموعاً دارای 800 مترمربع مساحت می باشد.